Die Schwarzach entspringt im Cesky Les, also im tschechischen Teil des Oberpfälzer Waldes, östlich der Ortschaft Závist (dt. Neid). Im Oberlauf fast genau nach Süden fließend, überschreitet die Schwarzach kurz hinter dem Ort Nemanice (dt. Wassersuppen) die Grenze nach Bayern, wo sie ab Waldmünchen die Hauptrichtung West einhält. Weitere Orte an der Schwarzach sind Schönthal, Rötz und Neunburg vorm Wald.